公司治理合规纠纷的处理逻辑是"内部程序先行、外部救济兜底"：先核查召集通知、表决比例、会议记录是否合规，再判断诉求是决议无效、撤销还是不成立，抑或知情权、股东代表诉讼、公司解散。管辖上，因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷，原则上由公司住所地人民法院管辖（《民事诉讼法》第二十七条）。期限上，撤销股东会决议须自决议作出之日起六十日内起诉（《公司法》第二十六条）；股东要求查阅会计账簿、会计凭证，公司应在收到书面请求之日起十五日内书面答复（《公司法》第五十七条）；股东代表诉讼的前置请求期限为三十日（《公司法》第一百八十九条）。
一、处理流程：从内部程序到外部救济
公司治理纠纷的第一步不是起诉，而是"回头看程序"。根据《公司法》第六十四条，召开股东会会议应当于会议召开十五日前通知全体股东，公司章程另有规定或全体股东另有约定的除外；第六十三条规定了股东会的召集顺位，董事会不履行召集职责的由监事会召集，监事会不召集的，代表十分之一以上表决权的股东可以自行召集和主持。召集程序、表决方式违反法律、行政法规或公司章程，或者决议内容违反章程的，股东可依《公司法》第二十六条请求撤销；决议内容违反法律、行政法规的，依第二十五条无效；存在未召开会议、未表决等情形的，依第二十七条主张决议不成立。
外部救济路径通常为：书面交涉并固定证据 → 发出知情权查阅请求 → 视情形提起决议效力之诉、知情权之诉、股东代表诉讼或公司解散之诉。需要注意的是，股东提起代表诉讼前，应先书面请求监事会（或董事会）起诉，仅在后者拒绝、三十日内未起诉或情况紧急时，才可直接以自己的名义起诉。例如实践中常见的情形是：股东发现关联交易损害公司利益，直接起诉被法院以"未履行前置程序"驳回，补足书面请求后再行起诉。
二、四类容易"过期作废"的期限
- 六十日除斥期间：撤销决议之诉自决议作出之日起算，该期间不适用诉讼时效的中止、中断，逾期丧失撤销权（《公司法》第二十六条）。
- 十五日答复期：股东书面请求查阅会计账簿、会计凭证的，公司拒绝须在十五日内书面答复并说明理由，逾期未答复本身即构成股东起诉的事实基础（《公司法》第五十七条）。